2011 год. Пять лет прошло с момента Второй катастрофы, затмившей события апреля 1986 года.

Зону терзают участившиеся выбросы, смещая аномальные поля и открывая дороги к ранее недоступным местам. Кланы сражаются за новые территории и ключевые позиции. Сталкеры гибнут, но вслед за ними приходят другие.

Действие игры происходит за год до событий, описанных в "S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl". За год до самого удачного похода Стрелка к центру Зоны – третьего по счету. Мы узнаем о нем и его группе с новой стороны – взглянув на него глазами другого героя.